В мае 2013 года Митрофанов оказался в центре криминального скандала. По версии следствия, депутат со своим помощником Александром Деревщиковым и судебным приставом Радишем Сутиевым вымогали 200 тысяч долларов у бизнесмена Вячеслава Жарова. За эти деньги они обещали ему добиться нужного решения в арбитражном апелляционном суде.

В июне 2014 года Митрофанова лишили депутатской неприкосновенности для привлечения его по уголовному делу в качестве обвиняемого.

Алексей Митрофанов не появляется на рабочем месте уже более трех месяцев. 23 сентября Госдума рассмотрит проект постановления о снятии депутата с должности руководителя комитета.

Сегодня в Госдуму поступило обращение от главы Следственного комитета России (СКР) Александра Бастрыкина с просьбой оказать содействие в розыске главы комитета по информационной политике, информационным технологиям и связи Алексея Митрофанова. Об этом сообщает «Интерфакс» со ссылкой на руководителя думского управления по связям с общественностью и взаимодействию со СМИ Юрия Шувалова.

«Только что такое обращение поступило, и оно направлено во фракцию "Справедливая Россия" на имя ее председателя Сергея Миронова», — сообщил Шувалов.