8 октября 2023 года РИА Новости сообщили, что украинские власти приговорили митрополита Тульчинского и Брацлавского Ионафана (Елецких) к пяти годам лишения свободы. Причиной этого стало его публичное осуждение украинских церковных раскольников, что на Украине классифицируется как преступление. Соответствующее интервью иерарха было размещено на сайте Русской Православной Церкви.

Летом 2024 года митрополита Ионафана, после вынесения приговора по делу, которое он называет сфабрикованным, обменяли и он прибыл в Россию. Винницкий городской суд приговорил его к пятилетнему заключению и изъятию имущества, инкриминируя оправдание российской военной операции, попытку смены конституционного строя, посягательство на территориальную целостность Украины и критику церковного раскола в стране. Иерарх не признал себя виновным и первоначально отказался участвовать в обмене на украинских пленных. Однако, в результате инсульта, который он перенес в марте, и по просьбе патриарха Московского и всея Руси Кирилла, обмен все же состоялся. Президент Белоруссии Александр Лукашенко заявил, что митрополит Ионафан был участником обмена, в числе которых также был арестованный в Минске украинский диверсант, планировавший взрыв на белорусском аэродроме «Мачулищи».

Митрополит Ионафан объяснил, что истинной причиной наказания стала его позиция по отношению к церковному расколу на Украине. Он утверждает, что в стране запрещено критиковать церковное разделение и патриарха Варфоломея. В своих публикациях, включая статью от 3 января 2022 года на епархиальном сайте, он подвергал сомнению действия Константинопольского патриархата и указывал на исторические договоренности, неподлежащие изменению. Данные утверждения, а также некоторые из его стихотворений и публикации российских СМИ в его поддержку, стали основой обвинений.

Украинские власти организовали масштабное преследование Украинской православной церкви Московского патриархата, утверждая о её связях с Россией. В различных регионах местные власти наложили запрет на деятельность УПЦ. Служба безопасности Украины активизировала возбуждение уголовных дел против членов духовенства, проводила обыски в храмах и монастырях. Множество обвинительных приговоров уже вынесено, а некоторые представители духовенства арестованы. Сотни храмов УПЦ были захвачены религиозными раскольниками, иногда с применением силы. В конце августа Верховная рада приняла закон, который запрещает деятельность религиозных организаций, связанных с Россией, предоставив УПЦ девять месяцев для разрыва связей с РПЦ.