Для его задержания правоохранители провели рейд, причем сначала «коротышка» сумел избежать поимки: ушел через канализацию. Впрочем, это ему не сильно помогла. Его заметили морпехи, завязалась перестрелка, в ходе которой на Гузмана и надели наручники. Во время операции было убито 6 человек, один из которых был морским пехотинцем. По словам генпрокурора Мексики Арели Гомез, одной из главных причин поимки наркобарона стало его тщеславие, точнее, желание снять о себе кино. Переговоры с актерами и потенциальными продюсерами и вывели полицию на его след. Президент Мексики Энрике Пенья Ньето назвал поимку Гузмана «торжеством закона». По мнению многих экспертов, эта операция сильно подняла рейтинг действующей администрации этой страны. Ранее считалось, что сбежать из самой надежной мексиканской тюрьмы Альтиплано «Эль Чапо» не мог без поддержки чиновников, занимающих самые высокие посты.
После спецоперации Энрике Пенья Ньето заявил, что «миссия завершена», «коротышка» вернулся за решетку. Возможно, так оно и есть, и о Хоакине Гузмане мы больше никогда не услышим. Однако, стоит отметить, что в тюрьмы его отправляли три разных правительства двух стран, но каждый раз он сбегал, выбирая самые изобретательные способы. Гватемальскую тюрьму, например, он покинул в корзине с грязным бельем.
За судьбой «Эль Чапо» пристально следили в США. Американское правительство даже объявило награду за его информацию, которая приведет к его аресту — 5 миллионов долларов. В США глава картеля «Синалоа» отправлял немало наркотиков. Генпрокурор США незамедлительно поздравил своего мексиканского коллегу, отметив, что Гузман «был причиной жестокости, коррупции и страдания на нескольких континентах».
Вместе с тем, несмотря на то, что «коротышка» возглавляет один из самых мощных жестоких наркокартелей в мире — «Синалоа», в одноименном штате многие люди считают его чуть ли не героем, своеобразным Робином Гудом. В Синалоа крайне высокий уровень безработицы, он же, по мнению местных жителей, и заработать помогал, и защиту предлагал куда более надежную, чем государство. Состояние Гузмана оценивается в один миллиард долларов.