Изобретениями, подаренными Пироговым медицине, можно восхищаться бесконечно. Это первый человек в мире, который помыл руки перед операцией не просто с мылом, а применил дезинфекцию. Он первый на практике начал проводить операции под наркозом, кстати, предварительно испытав его на себе. Изобрел гипсовые повязки и крахмальные бинты. Ввел в практику сестер милосердия и во время Крымской войны оперировал раненых до потери сознания. Отдельного внимания заслуживает Анатомический атлас Пирогова. Говорят, что для его создания ему пришлось разрезать чуть ли не тысячу трупов. Каждый слой был зарисован, а затем перепечатан при помощи мраморных плит. Атлас Пирогова помог хирургам проводить более точные операции и свел к минимуму хирургические ошибки. Есть легенда, что Пирогов спас маленького мальчика, в последствие великого ученого Менделеева.

В начале 1881 года Пирогов почувствовал раздражение слизистой оболочки неба и обнаружил у себя небольшую язву. Пирогов переходит на молочную диету, но это не помогает. Позже Склифосовский установил наличие рака верхней челюсти и счёл необходимой срочную операцию. Учитывая возраст пациента, многие именитые хирурги отказались проводить операцию. В своем "Дневнике старого врача" Пирогов делает нечетким почерком запись: "Ой, скорей, скорей! Худо, худо! Так, пожалуй, не успею и половины петербургской жизни описать". 23 ноября 1881 года в 20 часов 25 минут Пирогов умирает в собственном кабинете.

Жена Пирогова обратилась с ходатайством в Святейший Синод не предавать Николая Ивановича земле, как того требует христианский обычай. Разрешение было получено. Бальзамирование проводил лучший специалист России в этой области Вытодцев, применив собственный метод. Тело ученого, облаченное в черный мундир тайного советника, 24 января 1882 года было перенесено в семейную усыпальницу.

Вот тут начинается самое интересное. Все источники и сотрудники музея говорят, что во время войны оккупировавшие полностью Винницу немцы тело Пирогова не тронули и даже выставили возле усыпальницы караул. Но вот старожилы говорят другое. Оказывается, безграмотные немецкие солдаты не признали великого ученого, что, естественно, сыграло хорошую роль. Боюсь представить, как бы они надругались над покойником, если бы признали в нем спасителя тысяч русских солдат. Фашисты просто выкинули тело из усыпальницы на улицу, где его подобрала ныне неизвестная женщина и прятала до окончания войны у себя в доме. После чего передала советским властям. Музейным работникам хорошо было бы признать этот факт и имя это женщины увековечить за столь героический поступок.

Тело Пирогова находится в семейной усыпальнице "церковь-некрополь" уже более 130 лет, а вот рецепт самой бальзамации утрачен. Сын ученого похоронен рядом с ним, а жена – напротив входа в церковь. На территории церкви можно найти могилы других родственников ученого.