В мае 2012 года Илья Массух подал заявление об уходе с поста заместителя министра связи. 27 июня он рассказал "Ведомостям", что причиной этого стало несогласие с курсом нового министра Николая Никифорова, в частности, его отказ от разработки российской операционной системы.
Как сообщил Массух, Никифоров считает создание национальной программной платформы на ядре Linux нецелесообразным и в качестве альтернативы предлагает заключение глобального соглашения с Microsoft на поставку программных продуктов всем органам российской исполнительной власти.
Microsoft подтвердила факт встречи Никифорова с президентом Microsoft International Жан-Филиппом Куртуа и президентом Microsoft в России Николаем Прянишниковым на Петербургском экономическом форуме. Однако, по утверждению компании, речь шла о потенциальном сотрудничестве в применении облачных технологий, а не о конкретных коммерческих контрактах.
Массух также выступил против идеи Никифорова разрабатывать региональные сегменты электронного правительства силами местных программистов, а не федерального центра. "Создавать разрозненные системы в регионах, которые в будущем должны интегрироваться, - утопия. Это не получилось в США, не получится и у нас", - считает он.