В 1996 году, после публикации путевых записок Петра Хандке под названием «Зимняя поездка по Дунаю, Саве, Мораве и Дрине, или Справедливость для Сербии», в масс-медиа начались ожесточенные споры, которые продолжаются по сей день.

Пронатовские журналисты критиковали его за излишне благожелательное отношение к Сербии. Хандке пользовался другой лексикой и изображал события иначе, чем это делали многие журналисты.

В марте 2004 года Петер Хандке подписал обращение, которое канадец Роберт Диксон написал от имени художников в защиту Слободана Милошевича. К ним присоединился также будущий лауреат Нобелевской премии Гарольд Пинтер. В 2005 году Хандке посетил Милошевича в тюрьме в Гааге. Писатель опубликовал эссе под названием «Таблас-де-Даймьель» (нем. Die Tablas von Daimiel), имевшее подзаголовок «ложные показания на процессе против Слободана Милошевича».

18 марта 2006 года на похоронах Милошевича Хандке выступил с речью, что также вызвало волну споров в среде западной прессы.

Мир, так называемый мир, знает все о Югославии, Сербии. Мир, так называемый мир, знает всё о Слободане Милошевиче. Так называемый мир знает правду. Вот почему так называемый мир сегодня отсутствует, и не только сегодня, и не только здесь. Я не знаю правду. Но я смотрю. Я слушаю. Я чувствую. Я помню. Вот почему сегодня я здесь, рядом с Югославией, рядом с Сербией, рядом с Слободаном Милошевичем, — сказал Петр Хандке на на похоронах Милошевича.

В связи с этой речью была отменена инсценировка пьесы писателя «Игра в вопросы или путешествие в звонкие земли» в парижском театре «Комеди Франсэз».

2 июня 2006 года Петер Хандке был награждён премией Генриха Гейне, но из-за развернувшейся политической дискуссии и угрозы лишиться премии по решению городского совета Дюссельдорфа за просербские настроения, отказался от нее сам.

В июне 2006 года артисты театра «Берлинер ансамбль» начали акцию «Берлинская премия Генриха Гейне», в котором назвали поведение городской власти Дюссельдорфа «нападением на свободу творчества» и призвали собрать для Хандке деньги — аналог премии, которую он отклонил (денежная составляющая премии Генриха Гейне была 50 000 евро).

Инициаторами были, в частности, Кете Райхель, Рольф Бекер, Дитрих Киттнер, Арно Кленне, Моника и Отто Келер, Экарт Шпоо, Ингрид и Герхард Цверенц, Клаус Пайман. 22 июня 2006 Хандке поблагодарил их за старания, однако отклонил такую инициативу и попросил пожертвовать собранное на материальную помощь сербским селам в Косово.

21 февраля 2007 года по случаю премьеры пьесы Хандке «Следы утраченного» автору вручили сумму премии — 50 000 евро, однако он отказался от этих денег на пользу сербского анклава в Косово.

Выбор пал на деревню Велика-Хоча, населённую преимущественно сербами, глава которой — Деян Балёшевич — принял это пожертвование от Петера Хандке накануне Пасхи в 2007 году.

22 февраля 2008 года в беседе с корреспондентом газеты «Le Figaro» писатель отметил вклад Югославии в победу над нацизмом и назвал западные страны «мошенниками».