В августе 2013 года Гагаринский суд Москвы частично удовлетворил иск "Сколково" к Пономареву.

Суть претензий из «Сколково» сводилась к тому, что Пономарев, по мнению представителей фонда, недовыполнил свои обязательства по проведению курса из 10 лекций, на который с ним заключили договор от имени старшего вице-президента "Сколково" Алексея Бельтюкова.

Сначала представители "Сколково" требовали возместить девять миллионов рублей. Юристы фонда заявляли, что из положенных лекций Пономарев как следует прочел лишь одну.

Представители "Сколково" также подчеркнули, что прочие лекции Пономарев провел с нарушением договора: где-то ограничился вступительным словом, где-то произнес доклад на другую тему, не прочел лекций в Южной Корее и США, критиковал заказчика выступлений и завышал в отчетах число слушателей.

Депутат не единожды заявлял, что прочел полный курс лекций и деньги возвращать не будет.